外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。 暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。 古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。 ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。
松野太纪,中川亚纪子,小杉十郎太
江口拓也,早见沙织,种崎敦美,松田健一郎,甲斐田裕子,佐仓绫音,吉野裕行,小野贤章,山路和弘,藤原夏海,加藤英美里,银河万丈,武内骏辅,中村伦也,贺来贤人
陆双,徐经纬,梁晶晶,刘青扬,陈志荣
下地紫野,和久井優,石川由依,齋藤綾,高田憂希,川上千尋,諸星すみれ,田所あずさ,大橋彩香
长谷有洋,饭岛真理,土井美加
丹·史蒂文斯,托马斯·米德蒂奇,肖恩·吉布朗尼,玛丽·麦克,萨根·麦克马汉
保志总一朗,田中理惠,石田彰,森奈奈子,铃村健一,坂本真绫,三石琴乃,子安武人
三石琴乃,金元寿子,佐藤利奈
三石琴乃,福圆美里,野岛健儿,金元寿子,佐藤利奈,小清水亚美,伊藤静,皆川纯子,大原沙耶香,前田爱,藤井雪代,广桥凉,村田太志,中川翔子,井上麻里奈,早见沙织,佐仓绫音,北川景子,水树奈奈,林原惠美
三石琴乃,福圆美里,野岛健儿,金元寿子,佐藤利奈,小清水亚美,伊藤静,皆川纯子,大原沙耶香,前田爱,藤井雪代,广桥凉,村田太志,中川翔子,井上麻里奈,早见沙织,佐仓绫音,小泉濑奈,村濑步,日笠阳子,伊濑茉莉也,工藤晴香,三上枝织,伊藤加奈惠,水泽史绘,小松由佳,水树奈奈,林原惠美
片山福十郎,野田顺子,亚瑟·朗斯贝里,高桥直纯,朝井彩加,远近孝一,山谷祥生,浦和惠,榎木淳弥,松本美和,市道真央,德光由禾,绪方惠美,钉宫理惠